Напоследък напрежението около ситуацията с язовир Бебреш ескалира. Всички засегнати страни в този конфликт изказват своите становища и гледни точки в търсене на истината за причините довели до заплашително ниските нива на водата във водоема. Община Ботевград се опитва да избегне ситуация, в която развоя на събитията да доведе до криза като тази в Перник. Сред един от виновниците за източването на язовира е сочен МВЕЦ "Бебреш" и твърдения за работа извън обхвата на разрешителното, издадено от Басейнова дирекция Дунавски район.

След преглед на справки на „Напоителни системи“ ЕАД е видно, че МВЕЦ "Бебреш" е работила при по-ниски водни нива от тези, които са посочени в разрешителното. До края на 2017 година действа разрешително с допустими нива на работа на ВЕЦ-а 5 метра под кота преливник, след което, по искане на „Агроинженеринг-90“ ЕООД- собственика на въпросното съоръжение е издадено ново разрешително с нива 7,62 метра под преливника.

От справките от „Напоителни системи“ ЕАД става ясно, че водноелектрическата централа многократно е работила извън обхвата на разрешителното.

Така например през 2014 год., когато съоръжението влиза в експлоатация, неговата дейност нарушава действащото разрешително. През месеците юли и август, при нива съответно 5,49 и 7,83 метра под кота преливник ВЕЦ-ът е изразходвал 3 011 037 м3 вода при водни нива по-ниски от разрешените.

През 2015 година извън разрешителното са изразходвани 2 491 744 м3 вода.

Неотдавна в община Ботевград се стигна до водна криза- през 2016 година. От справките на „Напоителни системи“ ЕАД е видно, че цели седем месеца МВЕЦ "Бебреш" извършва своята дейност при нива на водата далеч по-ниски от допустимите, с която дейност са били изразходени 5 078 280 м3 вода. Количеството би могло да предотврати тогавашната водна криза.

През същата година „Агроинженеринг – 90“ ЕООД внася искова Молба до Софийски окръжен съд срещу ВиК- Бебреш. Предявеният иск е на стойност 432 370 лв за пропуснати ползи. Ищецът търси обезщетение за периода 20.06.2014 г.- 15.11.2016 г.

Като доказателство за пропуснатите ползи от „Агроинженеринг-90“ ЕООД приложили счетоводни справки, в които са посочени сумите на приходите, разходите и чистата печалба от работата на МВЕЦ "Бебреш". Така например през 2014 г. при приходи в размер на 459 404 лв. и разходи 96 011 лв., чистата печалба на дружеството възлиза на 363 392 лв. През 2015 г. печалбата е приблизителна с предходната година- 342 945лв. с разход от 75 293лв. През 2016 год. ВЕЦ-а успява да генерира печалба от 296 956 лв., с общи приходи 345 356 лв. и направени разходи от 48 401лв.

В задълженията на фирмата собственик на ВЕЦ-а упоменати в разрешителното е посочено, че трябва да се извършват наблюдения и отчет на ползваните водни обеми, като резултатите се нанасят в специален дневник. Трябва да бъде съставян протокол за ползване месечни водни обеми, който да се изпраща в Басейнова дирекция за управление на водите Дунавски район с център Плевен, в края на всяка година. Като контролен орган е посочен директорът на дирекцията с център Плевен.

През 2018 гдина МВЕЦ-а изразходва 863 588 м3 вода извън обхвата на разрешението.

За 2019 година има отчетена работа на ВЕЦ-а само в два периода от по седем дни- през май и юни. И в двата периода е извършена работа в нарушение, при която е използван воден ресурс в обем 749 602 м3.